La calcita està àmpliament distribuïda a la natura.
En mars o llacs poc profunds, sovint es diposita per formar extenses capes de pedra calcària.
L'aigua subterrània pot dissoldre la pedra calcària i també reformar la calcita, com ara les estalactites, les estalagmites i el travertí. Les aigües subterrànies actives al sòl prop del nivell freàtic sovint formen nòduls de calcita distribuïts al llarg d'un cert pla horitzontal; els geòlegs solen referir-se a aquests com a nòduls calcaris.
L'activitat hidrotermal sovint forma venes de calcita, algunes contenen minerals i altres no. Sovint es troben-cristalls ben formats a les geodes.
En els carbonats formats per activitat magmàtica, la calcita normalment representa al voltant del 80%.
A més, la calcita també actua com a ciment a les roques sedimentàries clàstiques i com a mineral derivat de l'alteració de les roques ígnies bàsiques, contribuint a diverses roques. A causa de l'activitat de les aigües subterrànies, les venes de calcita omplen sovint les fissures de diverses roques.
La pedra calcària formada per sedimentació sovint pateix un metamorfisme regional o de contacte, durant el qual la calcita que hi ha dins es recristal·litza per formar agregats de calcita més gruixuts-marbre.
